ปี ค.ศ. 1943 มุสโสลีนีสูญเสียการสนับสนุนจากประชาชนชาวอิตาลีโดยเหตุที่เขาได้นำพาประเทศเข้าสู่หายนะจากสงคราม และในสายตาชาวโลก เขาถูกมองว่าเป็น "ซีซาร์หัวขี้เลื่อย" (sawdust caesar) เพราะได้นำประเทศเขาสู่สงครามโดยใช้กองทัพที่ขาดการฝึกฝนและขาดอาวุธที่มีประสิทธิภาพ ทำให้ในการสู้รบในสมรภูมิต่างๆ อิตาลีต้องพบกับความล้มเหลว ความรู้สึกอับอายในตัวของมุสโสลีนีทำให้พระเจ้าวิคเตอร์ เอ็มมานูเอลที่ 3 และสมาชิกพรรคฟาสซิสต์จำนวนมากสิ้นศรัทธาในตัวเขา การขับไล่มุสโสลีนีในขั้นแรกจึงเกิดขึ้นเมื่อสภาใหญ่แห่งพรรคฟาสซิสต์ภายใต้การอำนวยการของดีโน กรันดี สมาชิกพรรคฟาสซิสต์ ได้ลงมติขับมุสโสลีนีออกจากตำแหน่งหัวหน้าพรรคฟาสซิสต์ อีกหลายวันต่อมาในวันที่ 26 กรกฎาคม ค.ศ. 1943 พระเจ้าวิคเตอร์ เอ็มมานูเอลที่ 3 ได้มีพระบรมราชโองการให้ปลดมุสโลสินีจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรีอย่างเป็นทางการ และได้ทรงแต่งตั้งให้จอมพลปีเอโตร บาโดลโย เป็นนายกรัฐมนตรีแทน

หลังการถูกปลดออกจากตำแหน่ง มุสโสลีนีก็ถูกควบคุมตัวทันที รัฐบาลใหม่ของบาโดลโยได้ทำการประกาศให้พรรคฟาสซิสต์เป็นพรรคการเมืองต้องห้าม ถือได้ว่าเป็นการกำจัดพรรคฟาสซิสต์ออกจากเวทีการเมืองขั้นสุดท้าย จากนั้นรัฐบาลใหม่ได้ลงนามในสนธิสัญญาสงบศึกระหว่างอิตาลีกับกองทัพฝ่ายสัมพันธมิตร และอิตาลีก็ได้เข้าร่วมกับฝ่ายสัมพันธมิตรพร้อมกับประกาศสงครามต่อนาซีเยอรมนี รัฐบาลใหม่ฝ่ายนิยมกษัตริย์ของอิตาลีได้จัดตั้งกองทัพร่วมของอิตาลีในทั้งสามเหล่าทัพ และได้พยายามจัดรูปแบบการบริหารราชการแผ่นดินให้มีลักษณะแบบพลพรรค (partisan) น้อยลง พร้อมทั้งได้อนุญาตให้มีพรรคการเมืองต่างๆ เกิดขึ้นได้อีกครั้ง หลังจากที่พรรคการเมืองเหล่านี้ถูกห้ามทำกิจกรรมทางการเมืองและมีเพียงพรรคฟาสซิสต์พรรคเดียวที่เป็นพรรคการเมืองตามกฎหมายตลอดสมัยการปกครองของมุสโสลีนี พรรคการเมืองที่เกิดขึ้นใหม่เหล่านี้มีทั้งพรรคฝ่ายเสรีนิยมและฝ่ายคอมมิวนิสต์ และได้เข้ามาร่วมอยู่ในทุกส่วนของรัฐบาลชุดนี้ [132] ชาวอิตาลีได้เฉลิมฉลองแสดงความยินดีในการสิ้นสุดอำนาจของมุสโสลีนี และเมื่อกองทัพสัมพันธมิตรรุกเข้าไปในดินแดนต่างๆ ของอิตาลี ชาวอิตาลีก็ได้ให้การต้อนรับกองทัพสัมพันธมิตรในฐานะผู้ปลดปล่อยซึ่งต่อต้านการยึดครองของเยอรมนี

อย่างไรก็ตาม ยุคของมุสโสลีนีในอิตาลียังไม่จบลง หน่วยคอมมานโดเยอรมันหน่วยหนึ่งภายใต้การนำของออตโต สกอร์เซนี (Otto Skorzeny) ได้บุกเข้าไปช่วยมุสโสลีนีให้ออกจากโรงแรมบนภูเขาที่กักกันเขาอยู่ได้สำเร็จ ฮิตเลอร์ได้แนะนำให้มุสโสลีนีก่อตั้งสาธารณรัฐสังคมนิยมอิตาลีในอิตาลีตอนเหนือซึ่งเป็นพื้นที่เขตยึดครองของนาซีเยอรมนี ทว่ามุสโสลีนีมีอำนาจในสาธารณรัฐที่ตั้งขึ้นใหม่เพียงน้อยนิด รัฐใหม่นี้จึงเป็นเพียงรัฐหุ่นเชิดของเยอรมนีเท่านั้น กองทัพของอิตาลีฝ่ายฟาสซิสต์เป็นกองกำลังผสมระหว่างผู้นิยมลัทธิฟาสซิสต์ซึ่งยังภักดีต่อมุสโสลีนีและกองทัพนาซีเยอรมนี ฮิตเลอร์และกองทัพเยอรมันได้เปิดฉากทำการรบกับสัมพันธมิตรและเห็นประโยชน์ของอิตาลีเพียงเล็กน้อยว่าเป็นเพียงเขตกันชนเพื่อต้านทานการรุกของสัมพันธมิตรซึ่งจะเข้ามาทางใต้ของเยอรมนีเท่านั้น[133]

ชีวิตของชาวอิตาลีในเขตยึดครองของเยอรมนีเป็นไปอย่างอย่างลำบาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกรุงโรม ประชากรชาวโรมในปี ค.ศ. 1943 รู้สึกอ่อนล้าเต็มทีกับสงครามที่เกิดขึ้น เมื่ออิตาลียอมลงนามสงบศึกกับฝ่ายสัมพันธมิตรในวันที่ 8 กันยายน ค.ศ. 1943 ชาวโรมต่างพากันออกมาในท้องถนนพร้อมตะโกนคำว่า "สันติภาพจงเจริญ" ("Viva la pace!") แต่ในอีกไม่กี่ชั่วโมงต่อมา กองทัพเยอรมันก็ได้เคลื่อนพลเข้ามาในเมือง และเข้าโจมตีทั้งฝ่ายต่อต้านฟาสซิสต์ ฝ่ายนิยมกษัตริย์ และชาวยิว[134] ชาวโรมถูกทหารเยอรมันข่มขู่เพื่อให้ส่งเสบียงอาหารและน้ำมันเชื้อเพลิงแก่กองทัพเยอรมัน หากใครขัดขืนฝ่ายเยอรมันก็จะจับกุมตัวไว้ มีคนจำนวนมากที่ถูกนาซีเยอรมนีจับกุมแล้วถูกส่งตัวไปบังคับใช้แรงงาน[135] ในช่วงหลังการปลดปล่อยกรุงโรม ชาวโรมได้รายงานไว้ว่า ในช่วงสัปดาห์แรกแห่งการยึดครองของเยอรมนี ได้เกิดอาชญากรรรมต่อชาวอิตาลีขึ้นทั่วไปจากการที่ทหารเยอรมันเข้าปล้นร้านค้าและใช้ปืนจี้บังคับเอาสิ่งของจากชาวอิตาลี[135] กฎอัยการศึกได้ถูกประกาศใช้โดยอำนาจรัฐเยอรมนีเพื่อให้ชาวอิตาลีทุกคนห้ามออกนอกเคหสถานของตนภายหลังเวลาสามทุ่ม [135] ระหว่างฤดูหนาวของปี ค.ศ. 1943 ชาวโรมถูกจำกัดการปันส่วนอาหาร ฟืน และถ่านหิน เนื่องจากกองทัพเยอรมันเก็บปัจจัยเหล่านี้ไว้สำหรับแจกจ่ายให้ทหารเยอรมันซึ่งอยู่ในโรงแรมที่ตนยึดครองอยู่[135] การกระทำเหล่านี้ทำให้ชาวอิตาลีต้องเผชิญกับอากาศหนาวอย่างทารุณและตกอยู่ในสภาพแทบจะไม่มีอาหารยังชีพ[136] ยิ่งกว่านั้นฝ่ายอำนาจรัฐเยอรมนียังได้เริ่มจับกุมผู้ชายชาวโรมที่ยังสามารถทำงานได้ไปบังคับใช้แรงงานอีกด้วย[137] ถึงวันที่ 4 มิถุนายน ค.ศ. 1944 การยึดครองกรุงโรมโดยเยอรมนีจึงได้สิ้นสุดลงจากการล่าถอยของกองทัพเยอรมัน เนื่องจากกองทัพสัมพันธมิตรได้รุกคืบเข้ามา

มุสโสลีนีถูกจับกุมตัวได้เมื่อวันที่ 27 เมษายน ค.ศ. 1945 โดยกองกำลังปาร์ติซานของพรรคคอมมิวนิสต์อิตาลี ที่บริเวณใกล้ชายแดนอิตาลี-สวิสเซอร์แลนด์ ในขณะที่เขาพยายามจะหลบหนีออกจากอิตาลี ในวันถัดมาเขาก็ถูกประหารชีวิตด้วยข้อหาทรยศต่อชาติ โดยคำตัดสินลับหลังของคณะลูกขุนแห่งคณะกรรมการปลดแอกแห่งชาติ (Comitato di liberazione nazionale - CLN) หลังจากนั้นร่างของมุสโสลีนี ภรรยาน้อย และผู้นิยมลัทธิฟาสซิสต์คนอื่นๆ อีกประมาณ 15 คน ได้ถูกนำไปยังเมืองมิลาโน เพื่อแขวนประจานต่อสาธารณชน อีกหลายวันต่อมาในวันที่ 2 พฤษภาคม ค.ศ. 1945 กองทัพเยอรมันในอิตาลีก็ได้ประกาศยอมแพ้

รัฐบาลของบาโดลโยยังคงอยู่ในวาระต่อไปอีกประมาณ 9 เดือน จนถึงวันที่ 9 มิถุนายน ค.ศ. 1944 บาโดลโยจึงลงจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรี และแทนที่ด้วยอิวาโนเอ โบโนมี ผู้นำฝ่ายต่อต้านฟาสซิสต์วัย 70 ปี ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1945 แฟร์รุจโจ ปาร์รี ก็ได้ก้าวขึ้นมาเป็นนายกรัฐมนตรีแทนโบโนมี และได้เปิดทางให้อัลซิเด เด กัสเปรี ขึ้นดำรงตำแหน่งแทนในวันที่ 4 ธันวาคม ปีเดียวกัน นายกรัฐมนตรีกัสเปรีผู้นี้เป็นที่ปรึกษาในการเปลี่ยนผ่านรัฐบาลจากระบอบกษัตริย์สู่ระบอบสาธารณรัฐภายหลังการสละราชสมบัติของพระเจ้าอุมแบร์โตที่ 2 ในวันที่ 9 พฤษภาคม ค.ศ. 1946 โดยเขาได้ดำรงตำแหน่งรักษาการประมุขแห่งรัฐในวันที่ 18 มิถุนายน ค.ศ. 1946 แต่ได้ส่งมอบตำแหน่งดังกล่าวให้เอนริโค เด นิโคลา ประธานาธิบดีเฉพาะกาลของสาธารณรัฐอิตาลี ในอีกสิบวันให้หลัง